En la clase de Conan un chico está presumiendo que su padre le ha comprado unos magníficos escarabajos. Genta y Mitsuhiko celosos de esto le piden al doctor que quieren tener un ejemplar de estos y el doctor los lleva a Miyama. En Miyama se encuentran con el mejor amigo del Profesor Agasa y por la noche, cuando los chicos se van a atrapar los escarabajos, se produce un robo y un intento de asesinato contra el amigo de Agasa. Lo más misterioso son las últimas palabras que dice "Miyama... ciervo volante".