La tercera temporada de la serie Bob Esponja se estrenó el 5 de octubre del 2001 y terminó el 11 de octubre del 2004. Consta de 20 episodios.
Tritón Man y Chico Percebe 4
Cumpliendo la pena
Bienvenido Al Balde de Bocados
Frankentrazo
El efecto bola de nieve
La basura de cangrejo
La Cangreburger asquerosa
La caja tonta
Como en la tele
¿Te sobra una moneda?
No se admiten pringados
El regreso de Guimardo
Las algas son siempre verdes
Esponja socorrista
Cangrejo robot
Una nana para Bivalvo
Los pintores
Vídeo de formación
Bienvenidos a la fiesta en casa de Bob Esponja
Chocolate con almendras
Tritón Man y Chico Percebe 5
El club Bob Esponja
Mi bonito caballito de mar
Turno de Ultratumba
Amor Cascarudo
El nuevo estudiante estrella
Almejas
La gran carrera de caracoles
Un crustáceo de mediana edad
La esponja que podía volar
Gary Toma un Baño
El renacer de Cangrejo
Tuve un accidente
Identidad perdida
El ejército de Plancton
Bob Esponja A.C.
Cangrejolandia
De camping
Bob Esponja conoce al estrangulador
Bromistas desnudos